A notícia é um pouco antiga, mas como vi pouca repercursão, acredito que vale a pena escrever a respeito. No último evento MIX, que aconteceu em março de 2010, um dos anúncios feitos foi o da Microsoft eleger o jQuery como a principal tecnologia de client-side script para aplicações ASP.NET. Desde 2008, o jQuery já é suportado oficialmente pela Microsoft. O que muda com o anúncio feito no MIX é que agora a Microsoft vai investir tempo e dinheiro para contribuir com propostas para o projeto open-source, assim como qualquer pessoa ou empresa pode fazer. Claro que essas contribuições não servirão somente para aplicações desenvolvidas com tecnologias Microsoft, mas sim para qualquer plataforma tecnlógica que venha a fazer uso do jQuery (PHP, Java, Ruby, etc).

Você pode estar se perguntando: o que acontecerá com o ASP.NET Ajax Library e com o Ajax Control Toolkit? Com a palavra, Stephen Walther, um Program Manager do time de ASP.NET:

"(…) We realize that the Ajax Control Toolkit is extremely popular among ASP.NET Web Forms developers and we want to continue to invest in the Ajax Control Toolkit.

*If you are adding JavaScript interactivity to an ASP.NET Web Forms application, and you don’t want to write JavaScript, then we recommend that you use the server controls in the Ajax Control Toolkit. Using the Ajax Control Toolkit does not require knowledge of JavaScript and the toolkit enables you to build applications with the concepts familiar to ASP.NET Web Forms applications developers. *

*If, however, you are interested in creating client-side interactivity without server controls then we recommend that you use jQuery. *

(…)

We are moving the ASP.NET Ajax Library into the Ajax Control Toolkit. If you currently use ASP.NET Ajax Library client templates, client data-binding, or the client script loader then you can continue to use these features by downloading the Ajax Control Toolkit.

Be aware that our focus with the Ajax Control Toolkit is server-side Ajax.  For client-side Ajax, we are shifting our focus to jQuery. For example, if you have been using ASP.NET Ajax Library client templates then we recommend that you shift to using jQuery instead. “

**

O que, numa livre tradução, quer dizer:

”(…) Nós reconhecemos que o Ajax Control Toolkit é extremamente popular entre os desenvolvedores ASP.NET que utilizam Web Forms e nós queremos continuar a investir no Ajax Control Toolkit.

Se você está adicionando interatividade com Javascript em uma aplicação ASP.NET Web Forms e você não quer escrever código Javascript, então nós recomendamos que você use os server controls do Ajax Control Toolkit. Usar o Ajax Control Toolkit não exige conhecimento de Javascript e ele permite que você construa aplicações através de conceitos familiares aos desenvolvedores ASP.NET que utilizam Web Forms.

Entretanto, se você está interessado em criar interatividade do lado cliente sem server controls, então nós recomendamos que você use jQuery.

(…)

Nós estamos movendo o ASP.NET Ajax Library para dentro do Ajax Control Toolkit. Se você usa atualmente client templates, client data-binding, ou o client script loader do ASP.NET Ajax Library, então você pode continuar a usar essas funcionalidades fazendo o download do Ajax Control Toolkit.

Esteja ciente de que nosso foco com o Ajax Control Toolkit é Ajax do lado servidor. Para Ajax do lado cliente, nós estamos mudando nosso foco para jQuery. Por exemplo, se você usa cliente templates do ASP.NET Ajax Library, nós recomendamos que você mude para jQuery."

O texto completo, de onde retirei o trecho acima, pode ser encontrado em Microsoft, jQuery, and Templating.